白色或灰白色粉末或冷冻干燥粉末。温度：50-55°C，PH:6-7，一种能水解多肽、酰胺和酯的酶。其分子由212残基的折迭多肽键组成。商品有乳汁干燥的粗制品、水解蛋白酶的结晶品或悬浮于0.05mol/L乙酸钠、pH值4.5缓冲溶液中的悬浊液(含0.01％麝香草酚)。微有吸湿性。对光敏感。不完全的溶于水和甘油，水溶液无色至淡黄争，有时呈乳白色，几乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等有机溶剂。木瓜蛋白酶能够将纤维蛋白酶原激活成为纤维蛋白溶酶。