冻干粉，碱性磷酸酶能催化除去DNA、RNA、三磷酸核糖核苷和三磷酸脱氧核糖核苷的5′磷酸基团。由于CIP处理后的DNA片段缺少连接酶所要求的5′磷酸末端，因此它们不能进行自连接(1)。这个特性可以在克隆时降低载体DNA的背景， 切除DNA, RNA, rNTPs及dNTPs的5′末端磷酸基团；防止克隆载体的自环化连接；蛋白质丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸残基的去磷酸化。